A Természettudományi Gyűjtemény, amely jelenleg 2956 db leltári tárgyból áll, három fő részre bontható:
- A Régészeti Társulat és múzeum régi, főleg ős-állatok (mammut-, tarándszarvas, stb…) csontjait, kövületeket tartalmazó gyűjtemény amelynek túlnyomó része helyi, esztergomi lelőhelyű,
- másik része szintén helyi, vagy a közvetlen környék barlangjaiból, ill. bányáiból előkerült kőzetek, kristályok, tengeri élőlények kövületeiből áll,
- a harmadik része egy kb. 3000 db-ból álló antropológiai anyag, amely a múzeum gyűjtőterületén végzett régészeti feltárásokból került elő. Ebből egy rész leltározott, feldolgozása – helyi antropológus munkájaként részint már megtörtént, részben jelenleg is folyamatban van, több részlete szintén feldolgozott (külső munkatársakkal) – jelentős része külön raktárban tisztított, csomagolt állapotban került raktározásra.