A múzeum numizmatikai gyűjteményének alapjait egyrészt az Esztergom Vidéki Régészeti és Történelmi Társulat által helyi leletekből összegyűjtött középkori, római és újkori pénzek adták, amelybe beolvasztották az 1930-as években a Bencés Gimnázium éremanyagát. Ezt utóbb szisztematikus gyűjtés, ill. helyben-, és a gyűjtőterületünkön előkerült éremleletek gazdagították.

A gyűjtemény jelenleg 22 727 db beleltározott, (és 1945 db leltározatlan „Pengő-lelet”) darabból áll.

Az éremanyag jelentős része római kori (a gimnáziumi gyűjtemény miatt az ország különböző tájairól ide került) lelet, vagy gyűjtött anyag,  amelyhez nagy számú közép- és újkori érem csatlakozik. Ide tartozik egy csaknem ezer darabból álló, albumba gyűjtött 20. sz. elejéről származó papírpénz-anyag is.

Az éremleletek közül kiemelkednek a híres esztergomi Árpád-kori leletek (jórészt publikáltak: „Graner Fund", stb.), a Bajna-Csimai-, ill. Sárási dűlői, - edényben elrejtett (több, mint 800 db, ill. 135 db-os) 15. századi denár-leletek.

Legértékesebb éremleletünk az „Esztergom-szamárhegyi kincs”, amely egy török edényben elrejtett, 556 db 16. századi ezüst tallérból, 3 db török aranyból, ezüst ékszerekből és lengyel garasokból, és denárból áll (Gedai István közölte).