Ausgangspunkt der Stammsammlung des Museums bilden die ab den 1860-er Jahren registrierten Antiquitäten- und Münzsammlungen des Benediktiner-Hauptgymnasiums von Esztergom, bzw. die Sammlungen des Bischofs Nándor Knauz und anderer Sammler (Rezső Rényi, Lajos Némethy, Ferenc Brenner, Ferenc Einzinger, Elemér Reviczky, usw.). Der örtliche Museumsverein wurde 1875 von Jákó Ferenczy, dem Benediktiner-Direktor gegründet. Im Gebiet von Esztergom führten Viktor Récsey und Nándor Knauz schon 1891-92 bedeutende Ausgrabungen durch. „Die Archäologische und Historische
Gesellschaft des Esztergomer Landes” wurde 1894 auf die Aufforderung von Nándor Knauz ins Leben gerufen. Ziel der Gesellschaft war, „die urzeitlichen, altertümlichen und mittelalterlichen Denkmäler in Esztergom und in seiner Umgebung (in den Komitaten Esztergom, Bars und Hont) durch Schenkung, AnKauf, Tausch und durch Grabungen aufzusuchen und zu sammeln, und sie in der am Sitz der Gesellschaft zu gründenden Antiquitätensammlung zur öffentlichen Schau zu stellen, und wissenschaftlich zu bearbeiten. Die historischen Forschungen richten sich auf die Vorbereitung und Fertigstellung der Monographie der Stadt und des Komitates Esztergom.”
1913 und 1933 residierte das Museum in verschiedenen Gebäuden, dann zog es in die Erzbischöfliche Bibliothek zurück, wo es bis 1989 blieb.
Nach dem 2. Weltkrieg wurde die Sammlung verstaatlicht, und zu dieser Zeit erhielt sie den Namen Balassa Bálint Museum. An die Spitze des Museums wurde László Zolnay (1951-1959) gestellt, der von Zoltán Nagy (1961-1969) gefolgt wurde. Sie übten auch über die anderen kirchlichen Sammlungen (Christliches Museum, Schatzkammer) fachliche Aufsicht aus. Ab 1961 wurde sogar der freigelegte und besichtigbare Gebäudekomplex des einstigen königlichen Palastes verstaatlicht, und an das Balassa Bálint Museum angeschlossen. Der Ausstellungsort in der Burg, entstanden 1938 durch Freilegung und Wiederherstellung des Esztergomer königlichen Palastes, stand bis 1961 unter kirchlicher Verwaltung, 1961-63 gehörte er zum Balassa Bálint Museum. Seit 1963 ist das Burgmuseum als ein selbsständiges Museum tätig, und sein Forschungsgebiet erstreckt sich auf das Gebiet der Burg von Esztergom. (Unsere Institution funktionierte bis 1964 unter der Leitung von Zoltán Nagy als ein einheitliches Museum. Ab 1964 kam der königliche Palast als Burgmuseum – für die Zeit der Ausgrabungen und Herstellungen - unter die Verwaltung des Bildungsministeriums, aber der frühere Direktor blieb nach wie vor der Leiter beider Intitutionen.)
Zwischen 1969 und 2012, mehr als 40 Jahre lang war der Archäologe István Horváth der Direktor des Balassa Bálint Museums. Ab Mai 2012. bis Januar 2013, bis zum Einschmelzen in das Ungarische Nationalmuseum war das Museum von der Archäologin Edit Tari geleitet.
Ab dem 1. Januar 2013 – nach einer Regierungsbeschluss – wurde die Selbständigkeit des Museums abgeschafft, und seitdem setzt es seine Tätigkeit als eine Filiale des Ungarischen Nationalmuseums fort, in Einheit mit dem Burgmuseum des Ungarischen Nationalmuseums. Unter der Leitung von Gábor Rezi Kató wurde das Balassa Bálint Museum und das Burgmuseum wieder zusammengezogen.
1968 erhielt das Museum das Gebäude des alten Komitatshauses (Gebäude „B“ in der Pázmány Péter Straße 13.). In dem einstöckigen barocken Gebäude mit mittelalterlichen Grundmauern wurde das wichtigste Material des Museums, die Archäologische Sammlung, die Werkstätte der Restauratoren und die Ausstellungen plaziert. Nachdem 1987-1989 das einstöckige, im Zopfstyl erbaute Wohnhaus am Hauptplatz der Wasserstadt ebenfalls für Museumszwecke umgestaltet wurde, erhielten auch die anderen Sammlungen und Büros des Museums einen entgültigen Platz (Gebäude „A“, Mindszenty Platz 5.).
Das heutige Sammelgebiet des Museums erstreckt sich auf den östlichen Drittel des Komitats Komárom-Esztergom, dh. auf die von der Donau südlich liegende Hälfte des historischen Komitates Esztergom. Seine wichtigste Tätigkeit – aus seiner Vergangenheit und Lage folgend – erstreckt sich auf die Archäologie, Lokalgeschichte und Ethnographie, aber seine naturwissenschaftliche, bildkünstlerische und kunstgewerbliche Sammlungen sind auch bedeutend.
Bestand der Sammlungen am 31. Dezember 2012: 220000 Stück.
Seit 2008 finden in unserer Institution intensive museumspädagogische Beschäftigungen, historische Wettbeverbe, Geschichtestunden, handwerkliche Beschäftigungen statt.
2006 trat das Museum aus der komitatlichen Musealorganisation aus, und die Stadt Esztergom nahm die Instandhaltung des Museums auf sich. Aber wegen des Schuldenprozesses der Stadt konnte die stadtliche Instandhaltung des Museums ab 2011 nicht mehr gesichert werden, so kam es ab dem 1. Januar 2012. ins Staatseigentum.
Unsere ständige Ausstellung wurde 2013 geschlossen, und wird auch abgerissen. Unser neues sehenswertes Schaudepot wird 2014 im Gebäude „A” am Mindszenty Platz eröffnet, und mit Zusammenarbeit unserer Mitarbeiter wird im Burgmuseum eine neue gemeinsame ständige Ausstellung vorbereitet, die 2015 eröffnet wird.
Mit seinen Ausstellungen, Veranstalltungen, mit den öffentlichen Erscheinungen seiner Mitarbeiter spielt das Museum in der kulturellen, wissenschaftlichen und Bildungsleben der Stad Esztergom und des Komitates eine wichtige Rolle.
