Die Naturwissenschaftliche Sammlung des Museums umfasst heutzutage 2956 inventarisierte Objekte, und kann in drei Einheiten geteilt werden.

1. Knochenfunde der alten, hauptsächlich urzeitlichen Tiere (Mammut, Renntier) und Fossilien der Archäologischen Gesellschaft und des Museums, die meistens an Ort und Stelle, in Esztergom zum Vorschein gekommen sind.

2. Gesteine, Kristalle und Fossilien der Meereslebewesen, die in den örtlichen Höhlen oder in den Höhlen der unmittelbaren Umgebung gefunden wurden.

3. Den dritten Teil bildet das aus etwa 3000 Skeletten bzw. Skelettresten bestehende anthropologische Fundmaterial, die aus den im Sammelgebiet des Museums durchgeführten Ausgrabungen stammen. Ein Teil der Funde wurde schon ins Inventar genommen, und von der örtlichen Anthropologin bzw. von freien Mitarbeitern bearbeitet, oder steht gerade unter Bearbeitung.